V roku 1996 boli vládou SR schválené Kritériá pre posudzovanie, schvaľovanie a financovanie projektov podporujúcich regionálny rozvoj na rok 1996, ktoré boli v nasledujúcich rokoch novelizované. Tieto kritériá postupne umožňovali podporu aj takým projektom, ktoré neboli z vyššie uvedených problémových okresov (pozri časť Program pomoci de minimis) . V rokoch 1996 a 1997 predstavovala celková suma na takéto projekty rozdelená Úradom pre stratégiu rozvoja spoločnosti, vedy a techniky SR 100 miliónov Sk.
Vláda SR prijala v roku 1997 Koncepciu štátnej regionálnej politiky, ktorá formuluje ciele a ich zabezpečenie prostredníctvom skupiny koncepčných a programových dokumentov na republikovej a regionálnej úrovni. Ďalším dokumentom bola Koncepcia územného rozvoja Slovenska (KURS), východiskový územno-plánovací dokument, ktorého prvá verzia bola schválená ešte v roku 1994. KURS obsahoval aj princíp koordinácie pri spracovávaní oboch kľúčových dokumentov priestorového plánovania – KURS a Stratégie regionálneho rozvoja SR. Na KURS nadväzovali územné plány veľkých územných celkov (krajov) vypracované do roku 1998. Nadväzujúcimi dokumentmi v oblasti regio-nálnej politiky boli Koncepcie hospodárskeho a sociálneho rozvoja krajov. Tretím ťažiskovým dokumentom, tentokrát vypracovaným mimo územia Slovenska bol posudok Európskej komisie k Žiadosti SR o členstvo v EÚ. Tento dokument upozorňoval na nedostatočnosť až neexistenciu integrovanej politiky regionálneho rozvoja a obsahoval požiadavku komplexného zastrešenia regionálnej politiky v SR.
S príchodom novej vlády po voľbách v roku 1998 nastal aj posun v oblasti regionálnej politiky. Vznikol post podpredsedu vlády so zodpovednosťou pre regionálny rozvoj a v roku 1999 aj sekcia ľudských práv, menšín a regionálneho rozvoja na Úrade Vlády SR (od roku 2000 aj odbor rozvoja regiónov).
V roku 1999 bol zrušený Úrad pre stratégiu rozvoja spoločnosti, vedy a techniky SR a jeho právomoci v oblasti regionálneho rozvoja prešli na Ministerstvo výstavby a verejných prác, premenované na Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja (MVRR SR). Toto ministerstvo je v súčasnosti gestorom regionálneho rozvoja na Slovensku. Inštitucionálnu základňu regionálneho rozvoja dopĺňajú ešte Agentúra na podporu regionálneho rozvoja pri MVRR SR, ktorá zabezpečovala úlohy v oblasti implementácie programov PHARE a povstupových fondov EÚ a Rada vlády pre regionálnu politiku, ktorá bola znovuvytvorená v roku 1999 ako poradný orgán vlády SR pre oblasť regionálneho rozvoja.
V roku 1999 bol prijatý Integrovaný plán regionálneho rozvoja (IPRR), dokument, ktorého prijatie bolo jedným z predpokladov a podmienok EÚ na získanie predvstupovej pomoci EÚ. Dokument obsahuje národnú rozvojovú stratégiu a určuje prioritné regióny na získavanie pomoci programov PHARE.
V tomto momente vznikli problémy ohľadne definovania regiónov, ktoré zodpovedajú kritériám (veľkostným) EÚ na získavanie prostriedkov z jej predvstupových a neskôr štrukturálnych fondov.
Prioritné regióny vymedzené Integrovaným plánom regionálneho rozvoja totižto nie sú totožné s územnými jednotkami NUTS II, ktoré sa používajú pre Slovensko pre účely štatistiky Eurostatom, štatistickým úradom EÚ. Územná systemizácia SR podľa Nomenclature des Unites Territorial Statistique (NUTS) je po predbežnej dohode medzi Eu- rostat-om a Štatistickým úradom SR na úrovni NUTS II nasledovná: Bratislavský kraj, Západné Slovensko (Trnavský, Trenčiansky a Nitriansky kraj), Stredné Slovensko (Žilinský a Banskobystrický kraj) a Východné Slovensko (Prešovský a Košický kraj).
Avšak vláda SR schválila prioritné regióny pre realizáciu Integrovaného plánu regionálneho a sociálneho rozvoja a čerpanie pomoci Phare v trochu inej podobe: Bratislavský kraj, Slovensko – juhozápad (Nitriansky a Trnavský kraj), Slovensko – severozápad (Trenčiansky a Žilinský kraj) a Slovensko – východ (Banskobystrický, Prešovský a Košický kraj). Existencia dvoch systémov kategorizácie na úrovni NUTS II spôsobovala problémy pri našom vyjednávaní s EÚ. Problém sa ťahal až do začiatku roku 2002, kedy sa vláda priklonila ku kategorizácii používanej Eurostat-om.
V roku 2000 schválila vláda SR Zásady regionálnej politiky SR. Tento dokument bol v priebehu 90-tych rokov už štvrtým v poradí, ktorý stanovuje zásady regionálnej politiky (1991, 1994 a 1997) a oproti predchádzajúcim dokumentom už neuvádza stratégiu regionálneho rozvoja ako jeden zo sústavy programových dokumentov regionálnej politiky. Namiesto stratégie uvádza národný plán regionálneho rozvoja SR ako dokument najvyššej úrovne.
V roku 2000 prijala vláda SR Program štátnej pomoci na rozvoj okresov s vysokou mierou nezamestnanosti, ktorý upravuje náležitosti štátnej pomoci v podobe dotácie na hospodársky rozvoj pre štrukturálne postihnuté a ekonomicky slabé okresy s vysokou mierou nezamestnanosti v súlade s IPRR. V podstate ide o podporu malého a stredného pod-nikania v týchto regiónoch, od roku 2003 pre-menovaný na program pomoci de minimis (viď časť Program pomoci de minimis).
V tomto roku bola vytvorená aj integrovaná sieť regionálnych rozvojových agentúr (RRA). Išlo vlastne o doplnenie existujúcej siete RRA do takého stavu, aby v každom kraji existovali aspoň dve RRA (pozri časť Integrovaná sieť regionálnych rozvojových agentúr).
V roku 2001 prijala vláda SR Národný plán regionálneho rozvoja ako základný programový dokument strednodobého charakteru, ktorým Slovensko splnilo jednu z podmienok na predpokladané čerpanie prostriedkov z niektorých štrukturálnych fondov EU. V tomto roku bola prijatá aj ďalšia verzia Koncepcie územného rozvoja Slovenska. Zrejme najvýznamnejším aktom pre regionálnu politiku na Slovensku malo byť schválenie zákona o regionálnom rozvoji. Pracovná verzia zákona existovala už v roku 1996. Jeho vtedajšia podoba však bola pripravená najmä pre potreby a záujmy štátnej správy, bez uvažovania ďalších aktérov regionálnej politiky (samosprávy, tretí sektor a súkromný sektor). V roku 2000 bol vypracovaný legislatívny zámer nového zákona o regionálnom rozvoji a v roku 2001 bol NR SR prijatý zákon č. 503/2001 o podpore regionálneho rozvoja. Čiastočne tak boli uspokojené hlasy volajúce po legislatívnom zakotvení regionálnej politiky.
V roku 2001 boli prijaté aj ďalšie právne normy, ktoré majú svoj efekt v oblasti regionálneho rozvoja. Ide o podporu zahraničných investícií, keď sú zvýhodnení investori, ktorí smerujú svoj investičný zámer do regiónov s vysokou mierou nezamestnanosti. Druhým podporným opatrením na rozvoj miestnych a aj regionálnych ekonomík je podpora výstavby priemyselných parkov.
V roku 2002 boli uzavreté predvstupové rokovania s EU v kapitole regionálna politika a postupovali práce na štrukturovaní programového dokumentu regionálnej politiky – Národného rozvojového plánu a konštruovaní implementačnej schémy štrukturálnych fondov. Príprava Národného rozvojového plánu (NRP) sa uskutočňovala v súlade s uznesením vlády SR č. 606/2002 k Návrhu obsahového a organizačného zabezpečenia vypracovania Národného rozvojového plánu (National Development Plan), prijatým v júni 2002. Podľa tohto uznesenia mal byť pod záštitou Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR (MVRR SR) vypracovaný NRP do konca roka 2002. Jednotlivé sektorové operačné programy „SOP“ (Ekonomický rozvoj – neskôr premenovaný na Priemysel a služby; Ľudské zdroje; Poľnohospodárstvo, Vidiecky rozvoj a rybárstvo; Životné prostredie a Doprava a telekomunikácie) a regionálny operačný program „ROP“ (Slovensko) mali byť vypracované v gescii príslušných ministerstiev do konca novembra 2002.
