Na koaličných rokovaniach v októbri 2002 sa do druhého vládneho programu nedostali dva také body, ktoré sú pre SMK mimoriadne dôležité. Jedným je zmena zákona o územno-správnom členení (vytvorenie 12 žúp miesto 8, čo pôvodne podporovali všetky štyri strany koalície), druhým je otázka odškodnenia Maďarov za krivdy, ktoré utrpeli na základe uplatnenia princípu kolektívnej viny po roku 1945 (Benešove dekréty). V otázke dekrétov zaujala SMK v období dvoch vládnych cyklov dvojaké stanovisko. V prvom vládnom období sa zaviazala, že túto tému nebude otvárať. V druhom období otázku odškodnenia otvorila, avšak koaliční partneri ju v tomto zámere nepodporili. SMK ustúpila od svojej požiadavky, zároveň však nezahrnula do koaličnej zmluvy klauzulu, že túto otázku znova nenastolí. Napriek volebným programom koaličných strán sa do nového vládneho programu nedostala otázka zmeny územno-správneho členenia SR. SMK si vo vládnom programe 2002 môže pripísať jediný významný úspech, a to vyriešenie otázky maďarskej univerzity.
Rozdiel medzi oboma vládnymi programami spočíva – vďaka väčšej váhe SMK v koalícii –, v rozhodnejšom, konkrétnejšom nastolení menšinovej problematiky. Je pravdepodobné, že vďaka tomu bude v súčasnom vládnom cykle v zmienených otázkach menej interpretačných sporov, ako predtým. Vládny program z roku 2002 obsahuje prísľub zvýšenia úrovne výkonu menšinových práv. Vláda sa zaviazala, že pripraví návrh menšinového zákona, ktorý bude obsahovať aj pravidlá financovania menšinových kultúr. Podrobnosti však neuvádza. V oblasti národnostného školstva a kultúry sa vláda zaviazala aj ku konkrétnostiam, medzi nimi aj k implementácii Európskej charty regionálnych alebo menšinových jazykov. K tomuto záväzku sa Béla Bugár – poukazujúc na váhavý postoj slovenských partnerov – vo svojej knihe neustále vracia.12 V pláne legislatívnych úloh vlády na rok 2003 je uvedený aj návrh zákona o národnostných menšinách, s termínom december 2003. Dôvodom predloženia tohto návrhu, ktorý doteraz nebol vypracovaný, bolo „upraviť právne postavenie národnostných menšín, vytvoriť primerané právne prostredie na rozvoj ich identity a zároveň určiť status národnostnej menšiny“.13 Vďaka silnému postaveniu SMK vo vláde už slovenskí členovia koalície v druhom vládnom cykle nemohli presunúť termín splnenia záväzkov voči menšinám do druhej polovice volebného obdobia. Toto konštatovanie platí nielen pre prípad maďarskej univerzity, ale aj pre vytvorenie samostatnej redakcie národnostného vysielania verejnoprávneho rozhlasu a televízie.
Zámer zriadenia a financovania maďarskej univerzity bol v druhom vládnom programe obsiahnutý už s uvedením konkrétneho termínu: v prvom roku volebného obdobia (2003). Pri svojej prvej účasti vo vláde chcela SMK riešiť problém vysokoškolského vzdelávania maďarskej menšiny v materinskom jazyku vytvorením maďarskej fakulty na nitrianskej univerzite, tento návrh však ostatní členovia koalície odmietli s tým, že si vznik takejto osobitnej fakulty neželajú. Prvý vládny program počítal s vytvorením inštitúcie na prípravu učiteľov pre menšinové školy len v rámci už fungujúcich univerzít, avšak tie menšinovú fakultu zriadiť nechceli. Otázka sa dostala opätovne na program dňa vďaka tlaku SMK v poslednom roku vládneho cyklu. Možno považovať za takmer samozrejmé, že v tom čase už v tejto záležitosti k dohode nedošlo. Nitrianska univerzita (a Akreditačná komisia) zaujala nesúhlasné stanovisko, odvolávajúc sa na odborné dôvody a na princíp autonómnosti akademickej pôdy. Kladné rozhodnutie v tejto otázke prijala až vtedy, keď si SMK v druhom vládnom období (vďaka svojmu silnejšiemu politickému vplyvu) vynútila od ostatných členov koalície súhlas so zriadením maďarskej univerzity v Komárne.14 Koalícia v tomto vládnom cykle vyriešila problém tak, že prijala zákon o zriadení univerzity v Národnej rade, čím zároveň eliminovala zdržiavaciu taktiku Akreditačnej komisie. Slovenský parlament teda v októbri 2003 prijal zákon o zriadení maďarskej univerzity. S podporou vlády tak vznikla v Komárne maďarská univerzita s tromi fakultami, a v septembri 2004 aj riadne začala svoju činnosť.
Problém pôdy neznámych vlastníkov sa v prvom vládnom období nevyriešil, a stal sa politickou prioritou SMK v druhom cykle. V predchádzajúcom období dokázala Strana demokratickej ľavice návrh SMK zablokovať napriek tomu, že vo vládnom programe sa koalícia k riešeniu problému zaviazala. Pôvodne sa mala táto pôda previesť do správy obcí, druhý vládny program v tejto súvislosti už uvádza, že pôdu treba previesť do vlastníctva obcí.
Vo veci zriadenia maďarského biskupstva SMK žiadosť maďarských katolíkov mnoho rokov podporovala. V obidvoch vládnych cykloch sa touto požiadavkou maďarskej menšiny meritórne zaoberala, avšak Stála konferencia biskupov Slovenska ju neustále odmietala s odôvodnením, že o veriacich maďarskej národnosti je patrične postarané, navyše, veriaci maďarskej národnosti žijú na území viacerých diecéz. V tejto záležitosti sa slovenskí biskupi zhodli s maďarským biskupským zborom. Pravidlá katolíckej cirkevnej hierarchie podporujú slovenské národnonacionalistické postoje. Maďarské biskupstvo je považované na základe absolútneho súdu slovenského arcibiskupa (Jána Sokola) za zbytočné. Vymenovanie pomocného biskupa v apríli 2004, môžeme preto nazvať rovnako kompromisom ako polovičatým riešením.
