2.2. Voda
Podľa meraní Slovenského hydrometeorologického ústavu sa znečisťovanie povrchových vôd postupne znižuje. Vzorky odobraté roku 2001 2002 na pozorovacích bodoch južného Slovenska boli na päťstupňovej stupnici vo väčšine ukazovateľov zaradené do I. – III. kvalifikačnej kategórie, ktorá sa považuje za dobrú. Výnimku tvorí mikrobiologické znečistenie, kvôli baktériám coli je 93 % percent vzoriek z tohto hľadiska najhorších, patria do kategórií IV. a V. Kvalita vody sa zhoršila jedine v kategórii mikropolutantov, kvôli prítomnosti apolárnych extrahovateľných zlúčenín bolo 65 % vzoriek zaradených do najhoršej, V. kategórie. V roku 2002 sa situácia mierne zlepšila, už len 55,5 % vzoriek bolo nadpriemerne znečistených.
Čo sa týka podzemných vôd, množstvo vyprodukovateľnej vody predstavuje v celoštátnom meradle 76 109 litrov za sekundu, z toho 24 825 litrov pripadá na podzemnú zásobáreň pod Žitným ostrovom. Spotreba sa od roku 1990 postupne znižuje. Spotreba 13 013 litrov v roku 2002 bola o 2,8 % nižšia ako predchádzajúci rok. Kvôli znečisteniu podzemných vôd majú v zásobovaní obyvateľstva pitnou vodou najväčšiu úlohu diaľkové vodovody. V predchádzajúcom desaťročí zaznamenal najväčší rozvoj vodovod vychádzajúci z gabčíkovského vodného zdroja, ktorý už v súčasnosti zásobuje pitnou vodou okolie Levíc. Keďže oblasť medzi Levicami a Rimavskou Sobotou patrí z pohľadu zásob podzemných vôd medzi regióny s najhoršou situáciou (použiteľné zásoby menej ako 0,5 litrov vody za sekundu), má veľký význam vládou schválený projekt ISPA z roku 2003, ktorý bude prostredníctvom diaľkového vodovodu zabezpečovať zásobovanie pitnou vodou regiónu na juh od Veľkého Krtíša. Z hľadiska rozvodnej siete pitnej vody je južné Slovensko v celoštátnom porovnaní v zlej situácii. Kým celoštátny ukazovateľ zásobovania obyvateľstva pitnou vodou prostredníctvom vodovodnej siete predstavuje 83 %, v južných regiónoch je tento ukazovateľ vyšší ako 80 % len v okresoch Galanta, Nové Zámky a Šaľa.
V okresoch Veľký Krtíš, Rimavská Sobota, Košice a Trebišov je tento podiel 50 – 70 %. Ešte horšia je situácia v oblasti kanalizácie.
V porovnaní s celoštátnym pokrytím cca 55 % nedosahuje tento ukazovateľ v okresoch Komárno, Košice a Trebišov ani 30 %. Navyše, na južnom Slovensku nie je ani jediný okres, kde by podiel obyvateľstva pripojeného na kanalizáciu presiahol 50 %.
2.3. Pôda
Nakoľko dobré úrodné pôdy sa väčšinou nachádzajú v južných oblastiach republiky, je veľmi dôležité sledovanie ohrozenia pôdy. Najväčšie nebezpečenstvo znamená veterná erózia v strednom pásme Žitného ostrova, na osi Trnava – Štúrovo, v južnej časti údolia Hornádu a v Medzibodroží. Vodná erózia zas predstavuje problém od dolného toku Ipľa až po údolie Slanej. Vážnejšie znečistenie ťažkými kovmi zaznamenávame len v okolí Domice, rizikové sú však mestá Bratislava, Levice, okolie Šiah, Rožňavská kotlina a značná časť Medzibodrožia.
2.4. Ochrana prírody
Najosvedčenejšou formou ochrany živej prírody je vytváranie oblastí s rozličnými stupňami ochrany. Z takéhoto hľadiska majú najväčší význam národné parky, chránené krajinné oblasti a rezervácie národnej ochrany prírody. V súvislosti so vstupom do Európskej únie sa aj u nás začalo vytváranie siete NATURA 2000.
2.4.1. Národné parky
Pred rokom 1989 bol na južnom Slovensku do tejto kategórie ochrany zaradený len Slovenský kras, roku 1997 pribudol aj Muránsky kras.
Národný park Slovenský kras
Za národný park bol vyhlásený roku 1973, jeho rozloha činí 346,11 km2, jeho ochranné pásmo má 117,42 km2. Veľkú časť tvoria vápencové skaly pochádzajúce z triasového obdobia. 500 – 600 m vysoké vyvýšeniny planinového charakteru sa striedajú s krasovými tiesňavami a širokými riečnymi údoliami. Zo Silickej planiny, ktorá tvorí ústrednú časť krasu, vyčleňuje rieka Bodva na juhovýchode kras pri obci Szalonna (Maďarsko, Szalonna-karszt), kým na severozápade z nej rieka Slaná oddeľuje Plešiveckú planinu. Roku 1995 bola jaskyňa Aggtelek – Domica zapísaná do svetového dedičstva UNESCO.
V Slovenskom krase je v súčasnosti známych 712 jaskýň. Vďaka svojím kvapľovým útvarom je najznámejší jaskyňový systém Baradla
– Domica, ktorý je svojou dĺžkou 25 km jednou z najdlhších kvapľových jaskýň v miernom pásme (na slovenskej strane sa nachádza jeho 5,6 km dlhá časť s názvom Jaskyňa Domica).
Národný park Muránska planina
Územie národného parku tvorí 203,18 km2, ochranné pásmo má 216,98 km2. Je súčasťou Moldavsko-gemerského krasu, po Slovenskom krase je to druhá najcharakteristickejšia krasová planina Slovenska. Jadrom národného parku je vápencová tabuľa Muránskej planiny, ktorá sa vypína niekoľko sto metrov nad svoje okolie.
