Proti 12 celkom hlasovali dvaja členovia vlády za SMK z dôvodu, že koaličná rada nešpecifikovala presne hranice 12 celkov. Predstavitelia SMK prezentovali požiadavku na vytvorenie tzv. Komárňanskej župy vytvorenej zo šiestich okresov s významným podielom maďarskej menšiny. Neskôr bola táto požiadavka zmiernená na vytvorenie takého samosprávneho celku, v ktorom by boli spolu okresy Dunajská Streda, Galanta, Šaľa, Nové Zámky, Komárno a Levice. Ani s touto požiadavkou však neuspeli. Popri diskusii o zmene územného a správneho členenia a rozsahu decentralizovaných kompetencií prebiehala v tomto období aj diskusia o alternatívnom usporiadaní miestnej štátnej správy. V septembri 2000 sa na rokovaní vlády objavil návrh, ktorý odporúčal zrušiť integrované úrady štátnej správy (okresné úrady a krajské úrady) a nahradiť ich úradmi špecializovanej štátnej správy, avšak nebol schválený. Reorganizáciu miestnej štátnej sprá-vy sa podarilo zrealizovať až v nasledujúcom volebnom období.
V apríli 2001 vláda schválila prvé dva reformné zákony: o samospráve vyšších územných celkoch a o voľbách do orgánov vyšších územných samosprávnych celkov. Schválila aj zmenu územného členenia na 12 krajov, väčšinový volebný systém a zvýšenie počtu volebných obvodov a aj upresnený zoznam kompetencií. V júli potom poslanci NR SR tieto zákony schválili, čím po niekoľkých rokoch naplnili ustanovenia Ústavy SR hovoriace o regionálnej úrovni územnej samosprávy. Poslanci NR SR však zmenili rozhodnutie vlády o počte samosprávnych krajov a tak od 1. 1. 2002 existuje na Slovensku osem samosprávnych krajov v rovnakej podobe ako existujúce kraje v organizácii miestnej štátnej správy. Dôsledkom rozhodnutia NR SR o zmenách vládnej predlohy zákonov bolo odstúpenie splnomocnenca vlády pre reformu verejnej správy z funkcie, vzdanie sa podpredsedu vlády I. Mikloša úlohy koordinátora reformy vo vláde SR, ale najmä rozhodnutie predsedníctva Strany maďarskej koalície o odchode strany z vládnej koalície, k čomu ale napokon neprišlo.
V septembri 2001 bol v NR SR schválený Zákon 416/2001 o prechode niektorých kompetencií z orgánov štátu na obce a vyššie územné celky. V súlade s týmto zákonom prebiehal s väčšími či menšími komplikáciami a problémami presun kompetencií v niekoľkých etapách: k 1.1.2002 (začiatok fungovania samosprávnych krajov), k 1. 4. 2002, k 1. 7. 2002, k 1. 1. 2003 a k 1. 1. 2004. Financovanie prenesených úloh prebieha v zmysle novely zákona o rozpočtových pravidlách a to tak, že okrem financií na chod úradov samosprávnych krajov dostavajú obce a samosprávne kraje tzv. decentralizačnú dotáciu na plnenie prenesených úloh, avšak aj v oblasti financovania presun kompetencií silno viazne (meškanie platieb, nízke platby, atď.).
Po parlamentných voľbách v roku 2002 si takmer „staronová“ vláda včlenila do svojho programového vyhlásenia časť o pokračovaní reformy verejnej správy a jej decentralizácii, pričom už v tomto dokumente sa zaviazala ku niektorým konkrétnym krokom ako napríklad: uskutočniť reorganizáciu štátnej správy, s čím súvisí aj zrušenie okresných úradov, záväzok realizovať efektívny, štíhly a nie drahý štát, pokračovať v procese decentralizácie a dekon- centrácie štátnej správy, posilniť postavenie, ale aj zodpovednosť územnej samosprávy pri poskytovaní služieb občanovi, atď., čo sa však nie v plnej miere zatiaľ podarilo realizovať. Opäť bol vytvorený post Splnomocnenca vlády SR pre decentralizáciu verejnej správy a vláda menovala do tejto pozície Viktora Nižňan- ského. O svoju hlavnú – koordinačnú úlohu sa podľa schváleného štatútu delí spolu s ministrom vnútra a ministrom financií. Splnomocnenec vypracoval dva varianty rýchlosti pokračovania reformy. „Zrýchlený variant“ hovoril o vytvorení novej štruktúry miestnej štátnej správy a začiatku jej fungovania od 1. januára 2004.
Očakávanú fiskálnu decentralizáciu, resp. spustenie nového modelu financovania verejnej správy odkladal na rok 2005; rok 2004 má byť rokom prípravy fiskálnej decentralizácie. Druhý „Optimálny variant“ počítal s prípravou všetkých zmien počas roku 2003, pričom príprava by zahŕňala aj verejnú diskusiu. Jej nedostatok bol často kritizovaný aj počas predošlej vlády. V roku 2004 sa podľa tohto variantu mala schváliť potrebná legislatíva, zahŕňajúca už aj fiskálnu decentralizáciu. Zároveň by bol poskytnutý primeraný čas na prípravu všetkých týchto zmien a teda by sa nebolo možné „odvolávať“ na prípadné problémy vzniknuté v dôsledku časového stresu, naopak, implementáciu by bolo možné dôkladne pripraviť. Od 1. januára 2005 by boli spustené zmeny zároveň v oblasti organizačnej, ako aj v oblasti finančnej. Proti tomuto variantu hovorila najmä skúsenosť s implementáciou iných reforiem, kde pri ich odkladaní, resp. dlhom trvaní ich prípravnej fázy, sa posilňuje rezistencia systému voči zmenám. V januári 2003 sa koaliční partneri rozhodli pre použitie zrýchleného variantu. Splnomocnenec vlády vypracoval potom návrh ďalšieho postupu de-centralizácie verejnej správy. V roku 2003 sa zrealizovala reorganizácia miestnej štátnej správy keď v októbri prijala koalícia kompromisné riešenie usporiadania desintegrovanej miestnej štátnej správy. Zákonom č. 515/2003 o krajských úradoch a obvodných úradoch bola vytvorená sieť 50 obvodných úradov všeobecnej miestnej štátnej správy, počet krajských úradov zostal zachovaný.
Okrem tejto siete bolo vytvorených ešte ďalších osem sietí úradov špecializovanej miestnej štátnej správy. Okrem reorganizácie miestnej štátnej správy prebiehali aj práce na príprave fiskálnej decen-tralizácie. Na jar 2004 bol verejnosti predstavený návrh Ministerstva financií, ktorým má územná samospráva dostať 100 % výnosu dane z príjmov fyzických osôb (71 % miestna samospráva a 27 % samosprávne kraje), výnos cestnej dane (samosprávne kraje) a väčšiu voľnosť pri stanovovaní sadzby miestnych daní (vrátane dane z nehnuteľností).
